国家标准委组织有关机构研制开发了农业标准化示范区管理系统，并于2006年6月1日开通网上运行，实现了示范区工作的网上动态管理，将大大提高示范区工作的有效性。该系统包括了全国31个省（市、区）的2228个国家级农业标准化示范区，从申报、审批、考核、验收到后续管理全过程的信息管理，形成了示范区的完整的动态的电子档案。该系统包括三个信息平台：公众信息平台（供社会公众浏览）、省（部）级信息管理平台（供省（部）级系统管理员使用）和国家标准委信息管理平台。可以及时进行示范区相关信息的统计、分析、作图、分布以及邮件收发和用户管理的功能，实现各级管理部门对示范区的动态管理和相互间及时沟通。