新型小麦秆锈病菌Ug99(Puccinia gramninis f.sp. tritici race Ug99)在1999年首次报道于乌干达（Uganda），以发现地英文名称前两个字母加年份通称为Ug99。该病菌自发现后，分别在乌干达、肯尼亚、埃塞俄比亚、也门和苏丹对小麦造成重大损失。

2008年3月5日，联合国联农组织称伊朗小麦主产区也发现Ug99，说明这种病菌仍在继续蔓延。因Ug99孢子可随风传播很远的距离，会对全世界小麦种植带来重大威胁。联合国粮农组织已发出警告：在亚洲和非洲，80%的小麦品种易受新型小麦秆锈病菌Ug99侵染。联合国粮农组织正在督促所有国家加强对Ug99的监测，并加紧努力，以控制其蔓延。